تُدار الأكاديمية بثلاث مرجعيات متكاملة: مجلس الرئاسة الذي يوجّه ويعتمد، ومجلس الإدارة الذي ينفّذ ويتابع، والمجلس العلمي الذي يراجع ويضمن الجودة.
ويقوم العمل في مؤسسات الأكاديمية كلّها، القيادية والعلمية والتنفيذية والإدارية، على مبدأ التطوّع: قيمة مؤسسية تجمع بين روح البذل وتحمّل المسؤولية ومهنية الأداء.
أعلى مرجعية قيادية وإشرافية في الأكاديمية: يحدّد الرؤية والتوجهات الاستراتيجية، ويعتمد البرامج والمشاريع والشراكات، ويشرف على أداء الأكاديمية واستدامتها. يجتمع كل ثلاثة أشهر، وعند الحاجة.
الجهاز الإداري والتشغيلي الذي يحوّل قرارات مجلس الرئاسة وتوصيات المجلس العلمي إلى خطط وبرامج قابلة للتنفيذ والقياس. يضمّ ثلاثة عشر عضوًا، لكلٍّ منهم ملف تنفيذي محدّد، ويجتمع شهريًا.
المرجعية العلمية المستقلة المسؤولة عن جودة المحتوى والمناهج: يضع المعايير العلمية للبرامج ولاختيار المدرّبين، ويراجع المناهج والحقائب التدريبية ويعتمدها، ويشرف على الدراسات والأبحاث، ويعتمد معايير تقييم مشاريع التخرّج. يضم أكاديميين وباحثين وخبراء من تخصصات متنوعة، ويجتمع كل ثلاثة أشهر.